03. 化合物データベースとの繋がり

糖鎖と化合物

複合糖質の表記

• 複合糖質は、糖鎖と糖鎖以外の構造である。我々が開発している糖鎖の線形文字列表記WURCSは、糖鎖部分構造（赤枠部分）を対象としている。

• 糖鎖領域では単糖単位（紫色、黄色、青色）で構造を表記することが多い。

• WURCSでは、単糖単位（紫色、黄色、青色）で糖鎖構造を表記するとともに、単糖の表記においては、原子レベルの情報を保持している。

単糖の表記

• WURCSにおける単糖の情報は、単糖骨格を Fisher projectionで表記し、各々の炭素の状態について CarbonDescriptor を定義し、組み合わせて文字列にすることで単糖を表現している。

• また、環構造やアミノ基などの修飾も単糖として記述する。

例： Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O

WURCSと化学構造

• WURCSは設計段階から、糖鎖分野と化学構造を繋ぐことを意識して開発した。

• 従って、PubChemやProtein Data Bank (PDB) のデータを解析し、糖鎖部分をWURCSとする事が可能

• 既に、PDBやPubChemの糖鎖構造にWURCSが利用されている。

PDBやPubChemとの共同研究

• PDB: http://www.wwpdb.org/news/news?year=2021#604a58800769342b1f3d04b1

  • Carbohydrate Remediation

  • 糖鎖分子の表現を改善したPDBデータを公開しました。 (07/29/2020)

    • オリゴ糖に対するばらつきのない表記法を提供
    • 糖鎖科学のコミュニティのツールを使い、このコミュニティで一般的に使われている線形記述法を採用

  • Enhanced validation of small-molecule ligands and carbohydrates in the Protein Data Bank

    • Structure. 2021 Apr 1;29(4):393-400.e1. doi: 10.1016/j.str.2021.02.004. Epub 2021 Mar 2.
      • 糖鎖の分岐表現や２次元SNFG画像

• PubChem: 現在実施中

  • BioHackathon 2014がきっかけ